Terdapat 2 macam pelayanan pendaftaran di Puskesmas Kebonagung, yaitu Offline (Datang langsung) dan Online. Persyaratan yang harus dibawa oleh pengunjung/pasien baru yaitu membawa KTP atau BPJS bagi yang punya. Pengunjung/pasien lama untuk pasien umum membawa KTP dan kartu berobat, untuk pasien BPJS membawa KTP atau kartu BPJS dan kartu berobat puskesmas, dan Siswa Sekolah membawa Buku UKS dari  sekolah.